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documentclass: "compterendu"
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lang: true
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babel-lang: "french"
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geometry:
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- left=1.5cm
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- right=1.5cm
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- top=1.5cm
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- bottom=2cm
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title: "Un titre évocateur et relativement court pour le compte-rendu"
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author:
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- Prenom NOM
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- Prenom2 NOM2
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email:
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- premier.auteur@etudiant.univ-rennes1.fr
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- second.auteur@etudiant.univ-rennes1.fr
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date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
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abstract: "Un paragraphe présentant de façon synthétique le contenu du compte-rendu."
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anac: "2022-2023"
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diplome: "Master 2 Santé Publique, MPCE"
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module: "MODU"
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enseig: "P. NOM"
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evaluation: "Compte-rendu d'analyse"
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output:
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bookdown::pdf_book:
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template: template.tex
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fig_caption: yes
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keep_tex: yes
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toc: yes
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bibliography: biblio_cr-urca.bib
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biblio-style: plain
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link-citations: yes
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```{r include=FALSE}
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knitr::opts_chunk$set(fig.pos = "!H",out.extra="")
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```
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# Première partie
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```{r, echo = FALSE}
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#Ce bloc configure quelques options d'affichage pour les blocs R
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library('knitr')
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opts_chunk$set(comment = '', echo = FALSE, tidy = TRUE,
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fig.pos = 'ht!', fig.align='center', fig.width= 4.5, fig.height = 3.2)
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```
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## Avec une première sous-partie
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Le corps du document est rédigé selon la syntaxe de _Markdown_. On peut mettre des expressions en _italique_ ou en __gras__, des blocs de code en ligne (non évalués) comme celui-ci `sample(1:49, 6)`, insérer des commentaires de base de page[^commentaire], des liens hypertexte comme [celui-là](http://univ-reims.fr), des expressions mathématiques du genre exprimées selon la syntaxe de \LaTeX du genre $\cos(\theta) ^2 + \sin(\theta)^2 = 1$, voire les centrer comme ceci :
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$$(a+b)^n = \sum_{k=0}^n {n \choose k} a^k b^{n-k}, \quad a,b \in \mathbb{C}, \quad n \in \mathbb{N}.$$
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[^commentaire]: Ceci est un commentaire de bas de page.
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## Puis une seconde
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On peut également insérer des blocs de code R dont le rendu est paramétrable. Par exemple, le bloc suivant est affiché sans être évalué
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```{r, echo = TRUE, eval = FALSE}
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sample(1:49, 6)
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```
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tandis que la sortie suivante est affichée sans que le code exécuté n'apparaisse :
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```{r, echo = FALSE, eval = TRUE}
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set.seed(7)
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options(width = 60)
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un_tableau <- table(sample(c("A", "B", "C"), 100, replace = TRUE), sample(1:4, 100, replace = TRUE))
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chisq.test(un_tableau)
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```
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On peut également insérer du code R en ligne, qui sera remplacé par le résultat de son évaluation dans le document généré, par exemple, le résultat de $3 \times 4$ vaut `r 3*4`.
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# Deuxième partie
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Le template `cr-ur1` utilise le package `bookdown` apportant quelques fonctionnalités supplémentaires, dont la gestion des références croisées et des citations. La Figure \@ref(fig:dotplotex) donne un exemple de graphique accompagné de sa légende.
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(ref:capdotplotex) Un exemple de graphique produit par R, inséré et légendé grâce à _R Markdown_. S'il y a lieu, on précise la source des donnés, la cohorte et on explique comment lire le graphique.
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__Cohorte :__ on peut insérer du code R dans la légende : il y a `r length(seq(0, 1, by = 0.01))` points utilisé pour tracer ce graphique.
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__Lecture :__ Débrouillez-vous.
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```{r dotplotex, fig.cap = "(ref:capdotplotex)"}
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plot(seq(0, 1, by = 0.01), seq(0, 1, by = 0.01)^2, type ='l')
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```
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On peut faire de même pour les tableaux, comme illustré par la Table \@ref(tab:tableex) pour laquelle on a utilisé le package `kableExtra` pour modifier le style du tableau.
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(ref:captableex) Un exemple de tableau accompagné de sa légende.
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```{r tableex, message = FALSE}
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library('knitr')
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library('kableExtra')
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set.seed(3)
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un_tableau <- table(sample(c("A", "B", "C"), 100, replace = TRUE), sample(1:4, 100, replace = TRUE))
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kable(x = un_tableau, format = 'latex', caption = "(ref:captableex)", booktabs = TRUE) %>%
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kable_styling(latex_options = c('striped')) %>%
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row_spec(0, bold = TRUE)
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```
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Pour citer un article, un ouvrage, une page web, etc, on remplit préalablement le fichier `biblio_cr-urca.bib` en déclarant les références dans la syntaxe de _Bibtex_ puis on insère la citation. Pour plus d'information sur le fonctionnement de _R Markodown_, on pourra consulter [@rmarkdown_refbook2018].
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# (APPENDIX) Annexes {-}
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# Annexes
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On peut également ajouter une ou des partie(s) annexe(s) au document, permettant par exemple de détailler les procédures statistiques employées.
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# Bibliographie
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