Initial commit

main
Corentin Choisy 1 year ago
parent 72acb26078
commit a9140b0839

@ -0,0 +1,13 @@
Package: ur1down
Type: Package
Title: Templates for editing R Markodwon documents compatible with Rennes 1 graphic chart.
Version: 0.1.0
Date: 2021-05-09
Author: Philippe Regnault [aut, cre]
Maintainer: Corentin CHoisy <corentin.choisy@etudiant.univ-rennes1.fr>
Description: Provides templates for editing R Markdown documents that fits Rennes 1 graphical requirements.
Depends: knitr, rmarkdown, bookdown, formatR, kableExtra
License: GPL (>= 2)
Encoding: UTF-8
URL: <https://github.com/CorentinChoisy/UR1-EHESP-markdown.git>
LazyData: true

@ -0,0 +1,19 @@
# Hello, world!
#
# This is an example function named 'hello'
# which prints 'Hello, world!'.
#
# You can learn more about package authoring with RStudio at:
#
# http://r-pkgs.had.co.nz/
#
# Some useful keyboard shortcuts for package authoring:
#
# Install Package: 'Ctrl + Shift + B'
# Check Package: 'Ctrl + Shift + E'
# Test Package: 'Ctrl + Shift + T'
# hello <- function() {
# print("Hello, world!")
# }

Binary file not shown.

After

Width:  |  Height:  |  Size: 20 KiB

@ -0,0 +1,9 @@
@Book{rmarkdown_refbook2018,
title = {R Markdown: The Definitive Guide},
author = {Yihui Xie and J.J. Allaire and Garrett Grolemund},
publisher = {Chapman and Hall/CRC},
address = {Boca Raton, Florida},
year = {2018},
note = {ISBN 9781138359338},
url = {https://bookdown.org/yihui/rmarkdown},
}

@ -0,0 +1,106 @@
\NeedsTeXFormat{LaTeX2e}[1995/12/01]
\ProvidesClass{compterendu}[2019/08/28 v0.1 Standard LaTeX document class]
\LoadClass[a4paper, 11pt]{article}
\newcommand{\logouniv}[1]{\def\@logouniv{#1}}
\newcommand{\logoufr}[1]{\def\@logoufr{#1}}
\newcommand{\anac}[1]{\def\@anac{#1}}
\newcommand{\theanac}{\@anac}
\newcommand{\diplome}[1]{\def\@diplome{#1}}
\newcommand{\thediplome}{\@diplome}
\newcommand{\module}[1]{\def\@module{#1}}
\newcommand{\themodule}{\@module}
\newcommand{\enseig}[1]{\def\@enseig{#1}}
\newcommand{\theenseig}{\@enseig}
\newcommand{\evaluation}[1]{\def\@evaluation{#1}}
\newcommand{\theeval}{\@evaluation}
\newcommand{\email}[1]{\def\@email{#1}}
\newcommand{\theauthor}{\@author}
\newcommand{\thetitle}{\@title}
\logouniv{}
\logoufr{}
\anac{}
\diplome{}
\module{}
\enseig{}
\evaluation{}
\email{}
\RequirePackage{graphicx}
\RequirePackage[table]{xcolor}
\RequirePackage{hyperref}
\definecolor{urcalightbrown}{RGB}{172,114, 50}
\definecolor{urcabrown}{RGB}{75,0, 0}
\renewcommand{\maketitle}{
\thispagestyle{plain}
\noindent
\begin{minipage}{\textwidth}
\begin{tabular}{@{}c@{}}
\includegraphics[width=3cm]{\@logouniv}
\end{tabular}%
\hfill%
\begin{tabular}{@{}c@{}}
{Ann\'ee universitaire \@anac} \\
{\@diplome}\\
{\@module \ (resp. : \@enseig)} \\ \\
{\bf \large \@evaluation}
\end{tabular}
\hfill
\begin{tabular}{@{}c@{}}
\\%
\includegraphics[width=2.6cm]{\@logoufr}
\end{tabular}
\end{minipage}
\par
\noindent
\hrulefill
\vskip 20\p@
\noindent
\begin{center}%
{\LARGE \bf \textcolor{urcabrown}{ \@title} \par}%
\vskip 3em%
{\large
\lineskip .75em%
% \begin{tabular}[t]{c}%
% \@author % \ -- \texttt{\@email}
% \end{tabular}\par}%
\begin{tabular}[t]{cc}
\begin{minipage}{0.45\textwidth}
\flushright
\@author
\end{minipage}
&
\begin{minipage}{0.45\textwidth}
\flushleft
\@email
\end{minipage}
\end{tabular}\par}
\vskip 20\p@%
{\large \@date \par}% % Set date in \large size.
\end{center}\par
\vskip 20\p@
\noindent
\begin{tabular}{|@{}p{\textwidth}@{}|}
\hline
\hspace{\parindent}
{ \small Appr\'eciations et note du correcteur :} \\
\\ \\ \\ \\ \\ \\ \\ \\ \\ \\ \\ \\ \\ \\ \hline
\end{tabular}
% \global\let\thanks\relax
% \global\let\maketitle\relax
% \global\let\@maketitle\relax
% \global\let\@thanks\@empty
% \global\let\@author\@empty
% \global\let\@date\@empty
% \global\let\@title\@empty
% \global\let\title\relax
% \global\let\author\relax
% \global\let\date\relax
% \global\let\and\relax
}

Binary file not shown.

After

Width:  |  Height:  |  Size: 10 KiB

@ -0,0 +1,106 @@
---
documentclass: "compterendu"
lang: true
babel-lang: "french"
geometry:
- left=1.5cm
- right=1.5cm
- top=1.5cm
- bottom=2cm
title: "Un titre évocateur et relativement court pour le compte-rendu"
author:
- Prenom NOM
- Prenom2 NOM2
email:
- premier.auteur@etudiant.univ-rennes1.fr
- second.auteur@etudiant.univ-rennes1.fr
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
abstract: "Un paragraphe présentant de façon synthétique le contenu du compte-rendu."
anac: "2022-2023"
diplome: "Master 2 Santé Publique, MPCE"
module: "MODU"
enseig: "P. NOM"
evaluation: "Compte-rendu d'analyse"
output:
bookdown::pdf_book:
template: template.tex
fig_caption: yes
keep_tex: yes
toc: yes
bibliography: biblio_cr-urca.bib
biblio-style: plain
link-citations: yes
---
```{r include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.pos = "!H",out.extra="")
```
# Première partie
```{r, echo = FALSE}
#Ce bloc configure quelques options d'affichage pour les blocs R
library('knitr')
opts_chunk$set(comment = '', echo = FALSE, tidy = TRUE,
fig.pos = 'ht!', fig.align='center', fig.width= 4.5, fig.height = 3.2)
```
## Avec une première sous-partie
Le corps du document est rédigé selon la syntaxe de _Markdown_. On peut mettre des expressions en _italique_ ou en __gras__, des blocs de code en ligne (non évalués) comme celui-ci `sample(1:49, 6)`, insérer des commentaires de base de page[^commentaire], des liens hypertexte comme [celui-là](http://univ-reims.fr), des expressions mathématiques du genre exprimées selon la syntaxe de \LaTeX du genre $\cos(\theta) ^2 + \sin(\theta)^2 = 1$, voire les centrer comme ceci :
$$(a+b)^n = \sum_{k=0}^n {n \choose k} a^k b^{n-k}, \quad a,b \in \mathbb{C}, \quad n \in \mathbb{N}.$$
[^commentaire]: Ceci est un commentaire de bas de page.
## Puis une seconde
On peut également insérer des blocs de code R dont le rendu est paramétrable. Par exemple, le bloc suivant est affiché sans être évalué
```{r, echo = TRUE, eval = FALSE}
sample(1:49, 6)
```
tandis que la sortie suivante est affichée sans que le code exécuté n'apparaisse :
```{r, echo = FALSE, eval = TRUE}
set.seed(7)
options(width = 60)
un_tableau <- table(sample(c("A", "B", "C"), 100, replace = TRUE), sample(1:4, 100, replace = TRUE))
chisq.test(un_tableau)
```
On peut également insérer du code R en ligne, qui sera remplacé par le résultat de son évaluation dans le document généré, par exemple, le résultat de $3 \times 4$ vaut `r 3*4`.
# Deuxième partie
Le template `cr-ur1` utilise le package `bookdown` apportant quelques fonctionnalités supplémentaires, dont la gestion des références croisées et des citations. La Figure \@ref(fig:dotplotex) donne un exemple de graphique accompagné de sa légende.
(ref:capdotplotex) Un exemple de graphique produit par R, inséré et légendé grâce à _R Markdown_. S'il y a lieu, on précise la source des donnés, la cohorte et on explique comment lire le graphique.
__Cohorte :__ on peut insérer du code R dans la légende : il y a `r length(seq(0, 1, by = 0.01))` points utilisé pour tracer ce graphique.
__Lecture :__ Débrouillez-vous.
```{r dotplotex, fig.cap = "(ref:capdotplotex)"}
plot(seq(0, 1, by = 0.01), seq(0, 1, by = 0.01)^2, type ='l')
```
On peut faire de même pour les tableaux, comme illustré par la Table \@ref(tab:tableex) pour laquelle on a utilisé le package `kableExtra` pour modifier le style du tableau.
(ref:captableex) Un exemple de tableau accompagné de sa légende.
```{r tableex, message = FALSE}
library('knitr')
library('kableExtra')
set.seed(3)
un_tableau <- table(sample(c("A", "B", "C"), 100, replace = TRUE), sample(1:4, 100, replace = TRUE))
kable(x = un_tableau, format = 'latex', caption = "(ref:captableex)", booktabs = TRUE) %>%
kable_styling(latex_options = c('striped')) %>%
row_spec(0, bold = TRUE)
```
Pour citer un article, un ouvrage, une page web, etc, on remplit préalablement le fichier `biblio_cr-urca.bib` en déclarant les références dans la syntaxe de _Bibtex_ puis on insère la citation. Pour plus d'information sur le fonctionnement de _R Markodown_, on pourra consulter [@rmarkdown_refbook2018].
# (APPENDIX) Annexes {-}
# Annexes
On peut également ajouter une ou des partie(s) annexe(s) au document, permettant par exemple de détailler les procédures statistiques employées.
# Bibliographie

@ -0,0 +1,406 @@
\documentclass[$if(fontsize)$$fontsize$,$endif$$if(lang)$$babel-lang$,$endif$$if(papersize)$$papersize$paper,$endif$$for(classoption)$$classoption$$sep$,$endfor$]{$documentclass$}
$if(fontfamily)$
\usepackage[$for(fontfamilyoptions)$$fontfamilyoptions$$sep$,$endfor$]{$fontfamily$}
$else$
\usepackage{lmodern}
$endif$
$if(linestretch)$
\usepackage{setspace}
\setstretch{$linestretch$}
$endif$
\usepackage{amssymb,amsmath}
\usepackage{ifxetex,ifluatex}
\usepackage{fixltx2e} % provides \textsubscript
\ifnum 0\ifxetex 1\fi\ifluatex 1\fi=0 % if pdftex
\usepackage[$if(fontenc)$$fontenc$$else$T1$endif$]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
$if(euro)$
\usepackage{eurosym}
$endif$
\else % if luatex or xelatex
\ifxetex
\usepackage{mathspec}
\else
\usepackage{fontspec}
\fi
\defaultfontfeatures{Ligatures=TeX,Scale=MatchLowercase}
$if(euro)$
\newcommand{\euro}{}
$endif$
$if(mainfont)$
\setmainfont[$for(mainfontoptions)$$mainfontoptions$$sep$,$endfor$]{$mainfont$}
$endif$
$if(sansfont)$
\setsansfont[$for(sansfontoptions)$$sansfontoptions$$sep$,$endfor$]{$sansfont$}
$endif$
$if(monofont)$
\setmonofont[Mapping=tex-ansi$if(monofontoptions)$,$for(monofontoptions)$$monofontoptions$$sep$,$endfor$$endif$]{$monofont$}
$endif$
$if(mathfont)$
\setmathfont(Digits,Latin,Greek)[$for(mathfontoptions)$$mathfontoptions$$sep$,$endfor$]{$mathfont$}
$endif$
$if(CJKmainfont)$
\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont[$for(CJKoptions)$$CJKoptions$$sep$,$endfor$]{$CJKmainfont$}
$endif$
\fi
% use upquote if available, for straight quotes in verbatim environments
\IfFileExists{upquote.sty}{\usepackage{upquote}}{}
% use microtype if available
\IfFileExists{microtype.sty}{%
\usepackage{microtype}
\UseMicrotypeSet[protrusion]{basicmath} % disable protrusion for tt fonts
}{}
$if(geometry)$
\usepackage[$for(geometry)$$geometry$$sep$,$endfor$]{geometry}
$endif$
\usepackage{hyperref}
$if(colorlinks)$
\PassOptionsToPackage{usenames,dvipsnames}{color} % color is loaded by hyperref
$endif$
\hypersetup{unicode=true,
$if(title-meta)$
pdftitle={$title-meta$},
$endif$
$if(author-meta)$
pdfauthor={$author-meta$},
$endif$
$if(keywords)$
pdfkeywords={$for(keywords)$$keywords$$sep$; $endfor$},
$endif$
$if(colorlinks)$
colorlinks=true,
linkcolor=$if(linkcolor)$$linkcolor$$else$Maroon$endif$,
citecolor=$if(citecolor)$$citecolor$$else$Blue$endif$,
urlcolor=$if(urlcolor)$$urlcolor$$else$Blue$endif$,
$else$
pdfborder={0 0 0},
$endif$
breaklinks=true}
\urlstyle{same} % don't use monospace font for urls
$if(lang)$
\ifnum 0\ifxetex 1\fi\ifluatex 1\fi=0 % if pdftex
\usepackage[shorthands=off,$for(babel-otherlangs)$$babel-otherlangs$,$endfor$main=$babel-lang$]{babel}
$if(babel-newcommands)$
$babel-newcommands$
$endif$
\else
\usepackage{polyglossia}
\setmainlanguage[$polyglossia-lang.options$]{$polyglossia-lang.name$}
$for(polyglossia-otherlangs)$
\setotherlanguage[$polyglossia-otherlangs.options$]{$polyglossia-otherlangs.name$}
$endfor$
\fi
$endif$
$if(natbib)$
\usepackage$if(natbiboptions)$[$for(natbiboptions)$$natbiboptions$$sep$,$endfor$]$endif${natbib}
\bibliographystyle{$if(biblio-style)$$biblio-style$$else$plainnat$endif$}
$endif$
$if(biblatex)$
\usepackage$if(biblio-style)$[style=$biblio-style$]$endif${biblatex}
$if(biblatexoptions)$\ExecuteBibliographyOptions{$for(biblatexoptions)$$biblatexoptions$$sep$,$endfor$}$endif$
$for(bibliography)$
\addbibresource{$bibliography$}
$endfor$
$endif$
$if(listings)$
\usepackage{listings}
\newcommand{\passthrough}[1]{#1}
$endif$
% Adding environment CSLReferences for compatibility with pandoc >= 2.8
% BEGIN
\newlength{\cslhangindent}
\setlength{\cslhangindent}{1.5em}
\newenvironment{CSLReferences}%
{\setlength{\parindent}{0pt}%
\everypar{\setlength{\hangindent}{\cslhangindent}}\ignorespaces}%
{\par}
\newenvironment{cslreferences}%
{\setlength{\parindent}{0pt}%
\everypar{\setlength{\hangindent}{\cslhangindent}}\ignorespaces}%
{\par}
% END
$if(lhs)$
\lstnewenvironment{code}{\lstset{language=Haskell,basicstyle=\small\ttfamily}}{}
$endif$
$if(highlighting-macros)$
$highlighting-macros$
$endif$
$if(verbatim-in-note)$
\usepackage{fancyvrb}
\VerbatimFootnotes % allows verbatim text in footnotes
$endif$
$if(tables)$
\usepackage{longtable,booktabs}
$endif$
$if(graphics)$
\usepackage{graphicx,grffile}
\makeatletter
\def\maxwidth{\ifdim\Gin@nat@width>\linewidth\linewidth\else\Gin@nat@width\fi}
\def\maxheight{\ifdim\Gin@nat@height>\textheight\textheight\else\Gin@nat@height\fi}
\makeatother
% Scale images if necessary, so that they will not overflow the page
% margins by default, and it is still possible to overwrite the defaults
% using explicit options in \includegraphics[width, height, ...]{}
\setkeys{Gin}{width=\maxwidth,height=\maxheight,keepaspectratio}
$endif$
$if(links-as-notes)$
% Make links footnotes instead of hotlinks:
\renewcommand{\href}[2]{#2\footnote{\url{#1}}}
$endif$
$if(strikeout)$
\usepackage[normalem]{ulem}
% avoid problems with \sout in headers with hyperref:
\pdfstringdefDisableCommands{\renewcommand{\sout}{}}
$endif$
$if(indent)$
$else$
\IfFileExists{parskip.sty}{%
\usepackage{parskip}
}{% else
\setlength{\parindent}{0pt}
\setlength{\parskip}{6pt plus 2pt minus 1pt}
}
$endif$
\setlength{\emergencystretch}{3em} % prevent overfull lines
\providecommand{\tightlist}{%
\setlength{\itemsep}{0pt}\setlength{\parskip}{0pt}}
$if(numbersections)$
\setcounter{secnumdepth}{5}
$else$
\setcounter{secnumdepth}{0}
$endif$
$if(subparagraph)$
$else$
% Redefines (sub)paragraphs to behave more like sections
\ifx\paragraph\undefined\else
\let\oldparagraph\paragraph
\renewcommand{\paragraph}[1]{\oldparagraph{#1}\mbox{}}
\fi
\ifx\subparagraph\undefined\else
\let\oldsubparagraph\subparagraph
\renewcommand{\subparagraph}[1]{\oldsubparagraph{#1}\mbox{}}
\fi
$endif$
$if(dir)$
\ifxetex
% load bidi as late as possible as it modifies e.g. graphicx
$if(latex-dir-rtl)$
\usepackage[RTLdocument]{bidi}
$else$
\usepackage{bidi}
$endif$
\fi
\ifnum 0\ifxetex 1\fi\ifluatex 1\fi=0 % if pdftex
\TeXXeTstate=1
\newcommand{\RL}[1]{\beginR #1\endR}
\newcommand{\LR}[1]{\beginL #1\endL}
\newenvironment{RTL}{\beginR}{\endR}
\newenvironment{LTR}{\beginL}{\endL}
\fi
$endif$
%%% Use protect on footnotes to avoid problems with footnotes in titles
\let\rmarkdownfootnote\footnote%
\def\footnote{\protect\rmarkdownfootnote}
$if(compact-title)$
%%% Change title format to be more compact
\usepackage{titling}
% Create subtitle command for use in maketitle
\providecommand{\subtitle}[1]{
\posttitle{
\begin{center}\large#1\end{center}
}
}
\setlength{\droptitle}{-2em}
$endif$
%Mise en page
\usepackage[left=1.5cm,right=1.5cm,top=1.5cm,bottom=2cm]{geometry}
\usepackage{lastpage} %Pour numérotaion des pages
\usepackage{eso-pic} %pour l'image de fond de la page de garde
\usepackage{enumitem} %Pour personnaliser les listes à puces
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{xcolor}
%Gestion des tableaux
\usepackage{multirow}
%Divers
\usepackage{ifthen} %Gestion des instructions conditionnelles
\widowpenalty=10000
\clubpenalty=10000
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% Configuration des messages de type badbox %%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\widowpenalty=10000
\clubpenalty=10000
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% Definition environemments %%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% Désignation des variables de la classe %%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
$if(title)$
\title{$title$}
$if(compact-title)$
\pretitle{\vspace{\droptitle}\centering\huge}
\posttitle{\par}
$endif$
$else$
\title{}
$if(compact-title)$
\pretitle{\vspace{\droptitle}}
\posttitle{}
$endif$
$endif$
$if(subtitle)$
\subtitle{$subtitle$}
$endif$
$if(author)$
\author{$for(author)$$author$$sep$ \\ $endfor$}
$if(compact-title)$
\preauthor{\centering\large\emph}
\postauthor{\par}
$endif$
$else$
\author{}
$if(compact-title)$
\preauthor{}\postauthor{}
$endif$
$endif$
$if(date)$
$if(compact-title)$
\predate{\centering\large\emph}
\postdate{\par}
$endif$
\date{$date$}
$else$
\date{}
$if(compact-title)$
\predate{}\postdate{}
$endif$
$endif$
$for(header-includes)$
$header-includes$
$endfor$
$if(email)$
\email{$for(email)$$email$$sep$ \\ $endfor$}
$endif$
%\email{$if(email)$$email$$endif$}
\logouniv{$if(logouniv)$$logouniv$$else$logo_UR1.pdf$endif$}
\logoufr{$if(logoufr)$$logoufr$$else$logoUFR.pdf$endif$}
\date{$if(date)$$date$$else$\today$endif$}
\diplome{$if(diplome)$$diplome$$endif$}
\anac{$if(anac)$$anac$$endif$}
\module{$if(module)$$module$$endif$}
\enseig{$if(enseig)$$enseig$$endif$}
\evaluation{$if(evaluation)$$evaluation$$endif$}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% Mise en forme %%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%Formatage en-têtes et pieds de pages
\pagestyle{fancy}
\fancyhead[L]{\small \thetitle}
\fancyhead[R]{}
\fancyfoot[l]{\small \theauthor}
\fancyfoot[C]{\small \it \theeval \ \themodule \ -- \theanac}
\fancyfoot[R]{\small \thepage\ / \pageref{LastPage}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0.4pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0.4pt}
\fancypagestyle{plain}{%
\fancyhf{} % clear all header and footer fields
\fancyfoot[C]{\small \thepage\ / \pageref{LastPage}} % except the center
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}}
\AtEndDocument{\thispagestyle{plain}}
% Pandoc header
$for(header-includes)$
$header-includes$
$endfor$
\begin{document}
\AddToShipoutPictureBG*{\includegraphics[width=\paperwidth,height=\paperheight]{$if(backgroundimage)$$backgroundimage$$else$FondUR1.png$endif$}}
$if(title)$
\maketitle
$endif$
\pagebreak
$if(abstract)$
\begin{abstract}
$abstract$
\end{abstract}
$endif$
$for(include-before)$
$include-before$
$endfor$
$if(toc)$
{
\hypersetup{linkcolor=black}
\setcounter{tocdepth}{$toc-depth$}
\tableofcontents
}
$endif$
$body$
% $if(natbib)$
% $if(bibliography)$
% $if(biblio-title)$
% $if(book-class)$
% \renewcommand\bibname{$biblio-title$}
% $else$
% \renewcommand\refname{$biblio-title$}
% $endif$
% $endif$
% \bibliography{$for(bibliography)$$bibliography$$sep$,$endfor$}
%
% $endif$
% $endif$
%
% $if(biblatex)$
% \printbibliography$if(biblio-title)$[title=$biblio-title$]$endif$
% $endif$
%
% $for(include-after)$
% $include-after$
% $endfor$
%
%
% $if(lot)$\listoftables$endif$
%
% $if(lof)$\listoffigures$endif$
\end{document}

@ -0,0 +1,4 @@
name: cr-ur1
description: >
R Markdown template for editing short statistical reports for UR1/ EHESP students
create_dir: TRUE

@ -0,0 +1,12 @@
\name{hello}
\alias{hello}
\title{Hello, World!}
\usage{
hello()
}
\description{
Prints 'Hello, world!'.
}
\examples{
hello()
}
Loading…
Cancel
Save