---
documentclass: "compterendu"
lang: true
babel-lang: "french"
geometry:
  - left=1.5cm
  - right=1.5cm
  - top=1.5cm
  - bottom=2cm
title: "Un titre évocateur et relativement court pour le compte-rendu"
author: 
  - Prenom NOM
  - Prenom2 NOM2
email:
  - premier.auteur@etudiant.univ-rennes1.fr
  - second.auteur@etudiant.univ-rennes1.fr
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
abstract: "Un paragraphe présentant de façon synthétique le contenu du compte-rendu."
anac: "2022-2023"
diplome: "Master 2 Santé Publique, MPCE"
module: "MODU"
enseig: "P. NOM"
evaluation: "Compte-rendu d'analyse"
output: 
  bookdown::pdf_book:
    template: template.tex
    fig_caption: yes
    keep_tex: yes
    toc: yes
bibliography: biblio_cr-urca.bib
biblio-style: plain
link-citations: yes
---
```{r include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.pos = "!H",out.extra="")
```
# Première partie

```{r, echo = FALSE}
#Ce bloc configure quelques options d'affichage pour les blocs R
library('knitr')
opts_chunk$set(comment = '', echo = FALSE,  tidy = TRUE, 
               fig.pos = 'ht!', fig.align='center', fig.width= 4.5, fig.height = 3.2)
```

## Avec une première sous-partie

Le corps du document est rédigé selon la syntaxe de _Markdown_. On peut mettre des expressions en _italique_ ou en __gras__, des blocs de code en ligne (non évalués) comme celui-ci `sample(1:49, 6)`, insérer des commentaires de base de page[^commentaire], des liens hypertexte comme [celui-là](http://univ-reims.fr), des expressions mathématiques du genre exprimées selon la syntaxe de \LaTeX du genre $\cos(\theta) ^2 + \sin(\theta)^2 = 1$, voire les centrer comme ceci :
$$(a+b)^n = \sum_{k=0}^n {n \choose k} a^k b^{n-k}, \quad a,b \in \mathbb{C}, \quad n \in \mathbb{N}.$$

[^commentaire]: Ceci est un commentaire de bas de page.

## Puis une seconde

On peut également insérer des blocs de code R dont le rendu est paramétrable. Par exemple, le bloc suivant est affiché sans être évalué
```{r, echo = TRUE, eval = FALSE}
sample(1:49, 6)
```
tandis que la sortie suivante est affichée sans que le code exécuté n'apparaisse :


```{r, echo = FALSE, eval = TRUE}
set.seed(7)
options(width = 60)
un_tableau <- table(sample(c("A", "B", "C"), 100, replace = TRUE), sample(1:4, 100, replace = TRUE))
chisq.test(un_tableau)
```


On peut également insérer du code R en ligne, qui sera remplacé par le résultat de son évaluation dans le document généré, par exemple, le résultat de $3 \times 4$ vaut `r 3*4`.

# Deuxième partie

Le template `cr-ur1` utilise le package `bookdown` apportant quelques fonctionnalités supplémentaires, dont la gestion des références croisées et des citations. La Figure \@ref(fig:dotplotex) donne un exemple de graphique accompagné de sa légende.

(ref:capdotplotex) Un exemple de graphique produit par R, inséré et légendé grâce à _R Markdown_. S'il y a lieu, on précise la source des donnés, la cohorte et on explique comment lire le graphique.
__Cohorte :__ on peut insérer du code R dans la légende : il y a `r length(seq(0, 1, by = 0.01))` points utilisé pour tracer ce graphique. 
__Lecture :__ Débrouillez-vous.

```{r dotplotex, fig.cap = "(ref:capdotplotex)"}
plot(seq(0, 1, by = 0.01), seq(0, 1, by = 0.01)^2, type ='l') 
```
 
On peut faire de même pour les tableaux, comme illustré par la Table \@ref(tab:tableex) pour laquelle on a utilisé le package `kableExtra` pour modifier le style du tableau.
 
(ref:captableex) Un exemple de tableau accompagné de sa légende.

```{r tableex, message = FALSE}
library('knitr')
library('kableExtra')
set.seed(3)
un_tableau <- table(sample(c("A", "B", "C"), 100, replace = TRUE), sample(1:4, 100, replace = TRUE))
kable(x = un_tableau, format = 'latex', caption = "(ref:captableex)", booktabs = TRUE) %>%
  kable_styling(latex_options = c('striped')) %>%
  row_spec(0, bold = TRUE)
```

Pour citer un article, un ouvrage, une page web, etc, on remplit préalablement le fichier `biblio_cr-urca.bib` en déclarant les références dans la syntaxe de _Bibtex_ puis on insère la citation. Pour plus d'information sur le fonctionnement de _R Markodown_, on pourra consulter [@rmarkdown_refbook2018].

# (APPENDIX) Annexes {-}

# Annexes

On peut également ajouter une ou des partie(s) annexe(s) au document, permettant par exemple de détailler les procédures statistiques employées.

# Bibliographie