corentinchoisy/simul_these
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Corentin Choisy
2024-05-30 16:50:38 +02:00
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commit fd0d2de43f
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50
README.md
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@ -1,8 +1,8 @@
# Simulations
Ce dépôt contient l'ensemble du code pour les simulations basées sur simIRT. Afin d'économiser de la place sur le serveur, les données générées ne sont pas inclues dans le dépôt mais sont disponibles sur https://osf.io.
This repository contains all code files related to our ROSALI/Resiuals RCT simulation project. In order to save disk space, data files are not stored on this server and are instead available on https://osf.io.
## Arborescence
## File Structure
```
📦 simul_these
@ -15,41 +15,41 @@ Ce dépôt contient l'ensemble du code pour les simulations basées sur simIRT.
│  ├─ 🗂️ rosali_custom - DATASETS WITH DIF
│  ├─ simirt.do
│  └─ simirt.R
├─ 🗂️ Plans - SIMULATION PLANS
├─ 🗂️ RProject - R SCRIPTS FOR COMPILING RESULTS
├─ 🗂️ RProject - R SCRIPTS FOR VARIOUS TASKS
└─ 🗂️ Scripts - R AND STATA SCRIPTS
├─ 🗂️ Analysis - PCM ANALYSIS SCRIPTS
├─ 🗂️ R - VARIOUS USEFUL R SCRIPTS
└─ 🗂️ Scenarios - SIMULATION SCENARIO SCRIPTS
└─ 🗂️ Data_generation - SIMULATION SCENARIO SCRIPTS
   ├─ 🗂️ DIF
   └─ 🗂️ noDIF
```
## Conventions de nomenclature
## Naming conventions
### Jeux de données initiaux
### Initial Datasets
**XX_N** - Scénarios de référence sans confusion / N réplications
**1XX_N** - Scénarios avec confusion induite par 1 covariable / N réplications
**2XX_N** - Scénarios avec confusion induite par 2 covariables / N réplications
**3XX_N** - Scénarios avec confusion induite par 1 covariable induisant du DIF / N réplications
**XX_N** - Scenario XX / N individuals per group
### Jeux de données analysés
### Analyzed Datasets
**noDIF / XX_N.csv** - Analysis for scenario XX_N by PCM __without__ accounting for DIF
**DIF / XX_N.xls** - Analysis for scenario XX_N by PCM __with__ DIF accounted for
**ROSALI-DIF / XX_N_original.xls** - Analysis for scenario XX_N by PCM __with__ DIF accounted for after detection by ROSALI
**RESIDUALS / XX_N_original.xls** - Analysis for scenario XX_N by PCM __with__ DIF accounted for after detection by Andrich & Hagquist's residuals method
**noDIF / XX_N.csv** - Analyse du scénario XX_N par PCM __sans__ prise en compte du DIF
**DIF / XX_N.xls** - Analyse du scénario XX_N par PCM __avec__ prise en compte du DIF
**ROSALI-DIF / XX_N_original.xls** - Analyse du scénario XX_N par PCM __avec__ prise en compte du DIF détecté par ROSALI-DIF
**RESALI / XX_N_original.xls** - Analyse du scénario XX_N par PCM __avec__ prise en compte du DIF détecté par la méthode des résidus de Andrich & Hagquist
## Reproduction
1. Lancer **/Scripts/Scenarios/NoDIF/scenarios_noDIF_baseline.do** pour simuler les données des scénarios sans DIF
2. Lancer tous les fichiers dans 🗂️ **/Scripts/Scenarios/DIF/** pour simuler les données des scénarios avec DIF
3. Lancer les fichiers dans 🗂️ **/RProject/Scripts/functions/** puis **/RProject/Scripts/pcm_nodif.R** pour analyser les données sans prise en compte du DIF
4. Lancer les fichiers dans 🗂️ **/Scripts/Analysis/DIF/** pour analyser les données avec prise en compte du DIF
5. Lancer **/Scripts/Analysis/DIF-ROSALI/pcm_dif_rosali.do** pour analyser les données avec prise en compte du DIF détecté par ROSALI-DIF
6. Lancer **/RProject/Scripts/resali_generate_newdata.R** pour mettre détecter le DIF avec la méthode des résidus et préparer les données pour l'analyse.
7. Lancer **/Scripts/Analysis/DIF-RESIDUS/pcm_dif_residus.do** pour analyser les données avec prise en compte du DIF détecté par la méthode des résidus
8. Lancer **/RProject/Scripts/aggregation.R** pour compiler les résultats dans des tableaux complets
1. Run **/Scripts/Data_generation/NoDIF/scenarios_noDIF_baseline.do** to simulate no DIF data
2. Run files in 🗂️ **/Scripts/Data_generation/DIF/** to simulate DIF data
3. Run **/RProject/Scripts/Analysis/pcm_nodif.R** to analyze without accounting for DIF
4. Run files in 🗂️ **/Scripts/Analysis/DIF/** to analyze while accounting for DIF
5. Run **/Scripts/Analysis/DIF-ROSALI/pcm_dif_rosali.do** to analyze data after accounting for DIF as detected by ROSALI
6. Run **/RProject/Scripts/Analysis/resali_analysis.R** to perform residuals DIF detection and prepare data for PCM analysis.
7. Run **/Scripts/Analysis/DIF-RESIDUALS/pcm_dif_residus.do** to analyze data after accounting for DIF as detected by the residuals method
8. Run **/RProject/Scripts/Analysis/aggregation.R** to compile and visualize results
**OR**
1. Run **autorun.sh** (by default, will take multiple weeks to run. Please modify to run in parrallel if necessary)