Update to article code

.gitignore

@@ -9,3 +9,5 @@
 !res_dat_dif_rosali.csv
 !res_dat_dif_resali.csv
 *.dcf
+*.pdf
+*.png

RProject/Scripts/Analysis/aggregation.R

@@ -17,7 +17,7 @@ lastChar <- function(str){
   substr(str, nchar(str), nchar(str))
 }
 
-source(paste0(getwd(),"/functions/resali.R"))
+source(paste0(getwd(),"/Scripts/Analysis/functions/resali.R"))
 
 ##############################################################################
 #----------------------------------------------------------------------------#
@@ -147,20 +147,19 @@ replicate_pcm_analysis<- function(df=NULL,treatment='TT',irtmodel='PCM2',method=
 
 #### Create data.frame
 
-results <- c(sapply(1:4,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))),sapply(5:9,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E','F','G'))))
+results <- c(sapply(c(2,4),function(x) paste0(x,c('A','B','C'))),sapply(c(6,8),function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))))
 
-results2 <- c(sapply(10:20,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E','F','G'))))
+results2 <- c(sapply(seq(10,20,2),function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))))
 
-results <- c(sapply(c(50,100,200,300),function(x) paste0(results,'_',x)))
+results <- c(sapply(c(50,100,300),function(x) paste0(results,'_',x)))
 
-results2 <- c(sapply(c(50,100,200,300),function(x) paste0(results2,'_',x)))
+results2 <- c(sapply(c(50,100,300),function(x) paste0(results2,'_',x)))
-
-results <- sort(results)
-
-results2 <- sort(results2)
 
 results <- c(results,results2)
 
+results <- c(sapply(1:16,function(x) c(results[x],results[x+16],results[x+32])),
+             sapply(1:30,function(x) c(results[x+48],results[x+30+48],results[x+60+48]))
+             )
 #### Compiler function
 
 compile_simulation <- function(scenario) {
@@ -241,33 +240,29 @@ compile_simulation <- function(scenario) {
 
 #### Compiled results
 
-res.dat <- compile_simulation('1A_100')
+res.dat <- compile_simulation('2A_50')
 
 for (x in results[seq(2,length(results))]) {
   y <- compile_simulation(x)
   res.dat <- bind_rows(res.dat,y)
 }
+
 res.dat[res.dat$scenario.type=='A','dif.size'] <- -res.dat[res.dat$scenario.type=='A','dif.size']
 res.dat[is.na(res.dat$dif.size),'dif.size'] <- 0
-res.dat[193:417,'nb.dif'] <- 2
+res.dat[res.dat$scenario=="10B",]$dif.size <- 0.3 
-res.dat[417:528,'nb.dif'] <- 3
+res.dat[substr(res.dat$scenario,1,1)%in%c("6","8"),'nb.dif'] <- 1
+res.dat[substr(res.dat$scenario,1,2)%in%seq(10,16,2),'nb.dif'] <- 2
+res.dat[substr(res.dat$scenario,1,2)%in%seq(18,20,2),'nb.dif'] <- 3
+res.dat[res.dat$N==50,"dif.size"] <- res.dat[which(res.dat$N==50)+1,"dif.size"]
 res.dat[res.dat$scenario.type=="B",]$eff.size <- 0.2
 res.dat[res.dat$scenario.type=="C" & res.dat$dif.size==0,]$eff.size <- 0.4
 res.dat[res.dat$scenario.type=="C" & res.dat$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.2
-res.dat[res.dat$scenario.type=="D" & res.dat$dif.size==0,]$eff.size <- -0.2
 res.dat[res.dat$scenario.type=="D" & res.dat$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.4
-res.dat[res.dat$scenario.type=="E" & res.dat$dif.size==0,]$eff.size <- -0.4
 res.dat[res.dat$scenario.type=="E" & res.dat$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.4
-res.dat[res.dat$scenario.type=="F",]$eff.size <- -0.2
-res.dat[res.dat$scenario.type=="G",]$eff.size <- -0.4
-View(res.dat)
-
-res.dat.simple <- res.dat[,c(1:8,13,16:18)]
-res.dat.simple$m.beta <- round(res.dat.simple$m.beta,3)
-res.dat.simple
 
-is.nan.data.frame <- function(x)
+is.nan.data.frame <- function(x) {
   do.call(cbind, lapply(x, is.nan))
+}
 
 
 res.dat[is.nan(res.dat)] <- NA
@@ -282,19 +277,21 @@ res.dat$bias <- res.dat$eff.size-res.dat$m.beta
 
 #### Create data.frame
 
-results <- c(sapply(1:4,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))),sapply(5:9,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E','F','G'))))
+results <- c(sapply(c(2,4),function(x) paste0(x,c('A','B','C'))),sapply(c(6,8),function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))))
 
-results2 <- c(sapply(10:20,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E','F','G'))))
+results2 <- c(sapply(seq(10,20,2),function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))))
 
-results <- c(sapply(c(50,100,200,300),function(x) paste0(results,'_',x)))
+results <- c(sapply(c(50,100,300),function(x) paste0(results,'_',x)))
 
-results2 <- c(sapply(c(50,100,200,300),function(x) paste0(results2,'_',x)))
+results2 <- c(sapply(c(50,100,300),function(x) paste0(results2,'_',x)))
 
-results <- sort(results)
+results <- c(results,results2)
 
-results2 <- sort(results2)
+results <- c(sapply(1:16,function(x) c(results[x],results[x+16],results[x+32])),
+             sapply(1:30,function(x) c(results[x+48],results[x+30+48],results[x+60+48]))
+)
 
-results <- c(results,results2)[81:528]
+results <- results[19:length(results)]
 
 
 #### Compiler function
@@ -376,14 +373,23 @@ compile_simulation2 <- function(scenario) {
 
 #### Compiled results
 
-res.dat.dif <- compile_simulation2('5A_100')
+res.dat.dif <- compile_simulation2('6A_50')
 
 for (x in results[seq(2,length(results))]) {
   y <- compile_simulation2(x)
   res.dat.dif <- bind_rows(res.dat.dif,y)
 }
 
-res.dat$bias <- res.dat$eff.size-res.dat$m.beta
+res.dat.dif[is.na(res.dat.dif$dif.size),'dif.size'] <- 0
+res.dat.dif[substr(res.dat.dif$scenario,1,1)%in%c("6","8"),'nb.dif'] <- 1
+res.dat.dif[substr(res.dat.dif$scenario,1,2)%in%seq(10,16,2),'nb.dif'] <- 2
+res.dat.dif[substr(res.dat.dif$scenario,1,2)%in%seq(18,20,2),'nb.dif'] <- 3
+res.dat.dif[res.dat.dif$N==50,"dif.size"] <- res.dat.dif[which(res.dat.dif$N==50)+1,"dif.size"]
+res.dat.dif[res.dat.dif$scenario.type=="B",]$eff.size <- 0.2
+res.dat.dif[res.dat.dif$scenario.type=="C" & res.dat.dif$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.2
+res.dat.dif[res.dat.dif$scenario.type=="D" & res.dat.dif$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.4
+res.dat.dif[res.dat.dif$scenario.type=="E" & res.dat.dif$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.4
+res.dat.dif[res.dat.dif$scenario=="10B",]$dif.size <- 0.3 
 res.dat.dif$bias <- res.dat.dif$eff.size-res.dat.dif$m.beta
 
 ##############################################################################
@@ -394,20 +400,19 @@ res.dat.dif$bias <- res.dat.dif$eff.size-res.dat.dif$m.beta
 
 #### Create data.frame
 
-results <- c(sapply(1:4,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))),sapply(5:9,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E','F','G'))))
+results <- c(sapply(c(2,4),function(x) paste0(x,c('A','B','C'))),sapply(c(6,8),function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))))
-
-results2 <- c(sapply(10:20,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E','F','G'))))
 
-results <- c(sapply(c(50,100,200,300),function(x) paste0(results,'_',x)))
+results2 <- c(sapply(seq(10,20,2),function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))))
 
-results2 <- c(sapply(c(50,100,200,300),function(x) paste0(results2,'_',x)))
+results <- c(sapply(c(50,100,300),function(x) paste0(results,'_',x)))
 
-results <- sort(results)
+results2 <- c(sapply(c(50,100,300),function(x) paste0(results2,'_',x)))
-
-results2 <- sort(results2)
 
 results <- c(results,results2)
 
+results <- c(sapply(1:16,function(x) c(results[x],results[x+16],results[x+32])),
+             sapply(1:30,function(x) c(results[x+48],results[x+30+48],results[x+60+48]))
+)
 
 #### Compiler function
 
@@ -650,13 +655,33 @@ compile_simulation2_rosali <- function(scenario) {
 
 #### Compiled results
 
-res.dat.dif.rosali <- compile_simulation2_rosali('1A_100')
+res.dat.dif.rosali <- compile_simulation2_rosali('2A_50')
 
 for (x in results[seq(2,length(results))]) {
   y <- compile_simulation2_rosali(x)
   res.dat.dif.rosali <- bind_rows(res.dat.dif.rosali,y)
 }
 
+res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario.type=='A','dif.size'] <- -res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario.type=='A','dif.size']
+res.dat.dif.rosali[is.na(res.dat.dif.rosali$dif.size),'dif.size'] <- 0
+res.dat.dif.rosali[substr(res.dat.dif.rosali$scenario,1,1)%in%c("6","8"),'nb.dif'] <- 1
+res.dat.dif.rosali[substr(res.dat.dif.rosali$scenario,1,2)%in%seq(10,16,2),'nb.dif'] <- 2
+res.dat.dif.rosali[substr(res.dat.dif.rosali$scenario,1,2)%in%seq(18,20,2),'nb.dif'] <- 3
+res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$N==50,"dif.size"] <- res.dat.dif.rosali[which(res.dat.dif.rosali$N==50)+1,"dif.size"]
+res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario.type=="B",]$eff.size <- 0.2
+res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario.type=="C" & res.dat.dif.rosali$dif.size==0,]$eff.size <- 0.4
+res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario.type=="C" & res.dat.dif.rosali$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.2
+res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario.type=="D" & res.dat.dif.rosali$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.4
+res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario.type=="E" & res.dat.dif.rosali$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.4
+res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario=="10B",]$dif.size <- 0.3 
+
+is.nan.data.frame <- function(x) {
+  do.call(cbind, lapply(x, is.nan))
+}
+
+
+res.dat.dif.rosali[is.nan(res.dat.dif.rosali)] <- NA
+
 res.dat.dif.rosali$bias <- res.dat.dif.rosali$eff.size-res.dat.dif.rosali$m.beta
 
 
@@ -668,20 +693,21 @@ res.dat.dif.rosali$bias <- res.dat.dif.rosali$eff.size-res.dat.dif.rosali$m.beta
 
 #### Create data.frame
 
-results <- c(sapply(1:4,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))),sapply(5:9,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E','F','G'))))
-
-results2 <- c(sapply(10:20,function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E','F','G'))))
 
-results <- c(sapply(c(50,100,200,300),function(x) paste0(results,'_',x)))
+results <- c(sapply(c(2,4),function(x) paste0(x,c('A','B','C'))),sapply(c(6,8),function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))))
 
-results2 <- c(sapply(c(50,100,200,300),function(x) paste0(results2,'_',x)))
+results2 <- c(sapply(seq(10,20,2),function(x) paste0(x,c('A','B','C','D','E'))))
 
-results <- sort(results)
+results <- c(sapply(c(50,100,300),function(x) paste0(results,'_',x)))
 
-results2 <- sort(results2)
+results2 <- c(sapply(c(50,100,300),function(x) paste0(results2,'_',x)))
 
 results <- c(results,results2)
 
+results <- c(sapply(1:16,function(x) c(results[x],results[x+16],results[x+32])),
+             sapply(1:30,function(x) c(results[x+48],results[x+30+48],results[x+60+48]))
+)
+
 
 #### Compiler function
 
@@ -920,13 +946,33 @@ compile_simulation2_resali <- function(scenario) {
 
 #### Compiled results
 
-res.dat.dif.resali <- compile_simulation2_resali('1A_100')
+res.dat.dif.resali <- compile_simulation2_resali('2A_50')
 
 for (x in results[seq(2,length(results))]) {
   y <- compile_simulation2_resali(x)
   res.dat.dif.resali <- bind_rows(res.dat.dif.resali,y)
 }
 
+res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario.type=='A','dif.size'] <- -res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario.type=='A','dif.size']
+res.dat.dif.resali[is.na(res.dat.dif.resali$dif.size),'dif.size'] <- 0
+res.dat.dif.resali[substr(res.dat.dif.resali$scenario,1,1)%in%c("6","8"),'nb.dif'] <- 1
+res.dat.dif.resali[substr(res.dat.dif.resali$scenario,1,2)%in%seq(10,16,2),'nb.dif'] <- 2
+res.dat.dif.resali[substr(res.dat.dif.resali$scenario,1,2)%in%seq(18,20,2),'nb.dif'] <- 3
+res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$N==50,"dif.size"] <- res.dat.dif.resali[which(res.dat.dif.resali$N==50)+1,"dif.size"]
+res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario.type=="B",]$eff.size <- 0.2
+res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario.type=="C" & res.dat.dif.resali$dif.size==0,]$eff.size <- 0.4
+res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario.type=="C" & res.dat.dif.resali$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.2
+res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario.type=="D" & res.dat.dif.resali$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.4
+res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario.type=="E" & res.dat.dif.resali$dif.size!=0,]$eff.size <- 0.4
+res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario=="10B",]$dif.size <- 0.3 
+
+is.nan.data.frame <- function(x) {
+  do.call(cbind, lapply(x, is.nan))
+}
+
+
+res.dat.dif.resali[is.nan(res.dat.dif.resali)] <- NA
+
 res.dat.dif.resali$bias <- res.dat.dif.resali$eff.size-res.dat.dif.resali$m.beta
 
 
@@ -943,20 +989,6 @@ res.dat$theoretical.power <- 0
 
 ### Scénarios N=100
 
-## Scénarios J=4 / M=2
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(1,5,7,9,11),'A') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(1,5,7,9,11),'B') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.1543
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'C') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.1543
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'D') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.4627
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'E') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.4627
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'F') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.1543
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'G') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.4627
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'C') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.4627
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'D') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.1543
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'E') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.4627
-
 ## Scénarios J=4 / M=4
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(2,6,8,10,12),'A') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.05
@@ -964,26 +996,8 @@ res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(2,6,8,10,12),'B') & res.dat$N==100,]$theo
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'C') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.2177
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'D') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.6586
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'E') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.6586
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'F') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.2177
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'G') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.6586
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'C') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.6586
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'D') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.2177
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'E') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.6586
-
-## Scénarios J=7 / M=2
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(3,13,15,17,19),'A') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(3,13,15,17,19),'B') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.1870
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'C') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.1870
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'D') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.5666
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'E') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.5666
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'F') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.1870
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'G') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.5666
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'C') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.5666
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'D') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.1870
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'E') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.5666
 
 ## Scénarios J=7 / M=4
 
@@ -992,91 +1006,13 @@ res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(4,14,16,18,20),'B') & res.dat$N==100,]$th
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'C') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.2450
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'D') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.7136
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'E') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.7136
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'F') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.2450
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'G') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.7136
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'C') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.7136
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'D') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.2450
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'E') & res.dat$N==100,]$theoretical.power <- 0.7136
-
-
-### Scénarios N=200
-
-## Scénarios J=4 / M=2
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(1,5,7,9,11),'A') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(1,5,7,9,11),'B') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.2618
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'C') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.2618
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'D') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.7507
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'E') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.7507
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'F') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.2618
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'G') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.7507
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'C') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.7507
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'D') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.2618
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'E') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.7507
-
-## Scénarios J=4 / M=4
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(2,6,8,10,12),'A') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(2,6,8,10,12),'B') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.3875
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'C') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.3875
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'D') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9161
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'E') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9161
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'F') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.3875
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'G') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9161
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'C') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9161
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'D') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.3875
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'E') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9161
-
-## Scénarios J=7 / M=2
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(3,13,15,17,19),'A') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(3,13,15,17,19),'B') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.3258
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'C') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.3258
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'D') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.8538
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'E') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.8538
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'F') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.3258
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'G') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.8538
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'C') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.8538
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'D') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.3258
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'E') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.8538
-
-## Scénarios J=7 / M=4
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(4,14,16,18,20),'A') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(4,14,16,18,20),'B') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.4321
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'C') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.4321
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'D') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9471
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'E') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9471
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'F') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.4321
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'G') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9471
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'C') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9471
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'D') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.4321
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'E') & res.dat$N==200,]$theoretical.power <- 0.9471
-
 
 
 
 ### Scénarios N=300
 
-## Scénarios J=4 / M=2
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(1,5,7,9,11),'A') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(1,5,7,9,11),'B') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.3660
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'C') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.3660
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'D') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.8981
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'E') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.8981
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'F') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.3660
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'G') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.8981
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'C') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.8981
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'D') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.3660
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'E') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.8981
-
 ## Scénarios J=4 / M=4
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(2,6,8,10,12),'A') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.05
@@ -1084,26 +1020,8 @@ res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(2,6,8,10,12),'B') & res.dat$N==300,]$theo
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'C') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.5373
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'D') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9834
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'E') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9834
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'F') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.5373
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'G') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9834
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'C') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9834
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'D') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.5373
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'E') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9834
-
-## Scénarios J=7 / M=2
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(3,13,15,17,19),'A') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(3,13,15,17,19),'B') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.4550
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'C') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.4550
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'D') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9584
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'E') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9584
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'F') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.4550
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'G') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9584
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'C') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9584
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'D') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.4550
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'E') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9584
 
 ## Scénarios J=7 / M=4
 
@@ -1112,30 +1030,12 @@ res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(4,14,16,18,20),'B') & res.dat$N==300,]$th
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'C') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.5907
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'D') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9919
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'E') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9919
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'F') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.5907
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'G') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9919
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'C') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9919
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'D') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.5907
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'E') & res.dat$N==300,]$theoretical.power <- 0.9919
 
 
 ### Scénarios N=50
 
-## Scénarios J=4 / M=2
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(1,5,7,9,11),'A') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(1,5,7,9,11),'B') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1013
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'C') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1013
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'D') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.2615
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'E') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.2615
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'F') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1013
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(5,7,9,11),'G') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.2615
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'C') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.2615
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'D') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1013
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(1,'E') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.2615
-
 ## Scénarios J=4 / M=4
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(2,6,8,10,12),'A') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.05
@@ -1143,26 +1043,8 @@ res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(2,6,8,10,12),'B') & res.dat$N==50,]$theor
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'C') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1339
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'D') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3863
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'E') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3863
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'F') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1339
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(6,8,10,12),'G') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3863
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'C') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3863
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'D') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1339
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(2,'E') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3863
-
-## Scénarios J=7 / M=2
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(3,13,15,17,19),'A') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.05
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(3,13,15,17,19),'B') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1171
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'C') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1171
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'D') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3236
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'E') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3236
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'F') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1171
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(13,15,17,19),'G') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3236
-
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'C') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3236
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'D') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1171
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(3,'E') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.3236
 
 ## Scénarios J=7 / M=4
 
@@ -1171,17 +1053,12 @@ res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(4,14,16,18,20),'B') & res.dat$N==50,]$the
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'C') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1448
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'D') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.4328
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'E') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.4328
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'F') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1448
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(c(14,16,18,20),'G') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.4328
 
 res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'C') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.4328
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'D') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.1448
-res.dat[res.dat$scenario %in% paste0(4,'E') & res.dat$N==50,]$theoretical.power <- 0.4328
-
 
 ### DIF scenarios
 
-res.dat.dif$theoretical.power <- res.dat[81:nrow(res.dat),]$theoretical.power
+res.dat.dif$theoretical.power <- res.dat[res.dat$dif.size!=0,]$theoretical.power
 res.dat.dif.rosali$theoretical.power <- res.dat$theoretical.power
 res.dat.dif.resali$theoretical.power <- res.dat$theoretical.power
 
@@ -1200,37 +1077,178 @@ res.dat.dif.rosali$method <- "ROSALI"
 res.dat.dif.resali$method <- "RESIDUS"
 
 
-# Correction of N=50 scenarios
+# Items polytomiques
-
-res.dat[res.dat$N==50,]$dif.size <- sapply(which(res.dat$N==50),function(k) res.dat[k-1,]$dif.size)
-res.dat.dif[res.dat.dif$N==50,]$dif.size <- sapply(which(res.dat.dif$N==50),function(k) res.dat.dif[k-1,]$dif.size)
-res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$N==50,]$dif.size <- sapply(which(res.dat.dif.rosali$N==50),function(k) res.dat.dif.rosali[k-1,]$dif.size)
-res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$N==50,]$dif.size <- sapply(which(res.dat.dif.resali$N==50),function(k) res.dat.dif.resali[k-1,]$dif.size)
-res.dat[res.dat$dif.size!=0 & res.dat$nb.dif==0,]$nb.dif <- 1
-res.dat.dif <- res.dat.dif %>%
-  relocate(method, .after = theoretical.power)
-res.dat[res.dat$scenario=="10B",]$dif.size <- 0.3
-res.dat.dif[res.dat.dif$scenario=="10B",]$dif.size <- 0.3
-res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$scenario=="10B",]$dif.size <- 0.3
-res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$scenario=="10B",]$dif.size <- 0.3
-res.dat.dif[res.dat.dif$N=="50" & res.dat.dif$nb.dif>0,]$eff.size <- rep(c(0,0.2,0.2,0.4,0.4,-0.2,-0.4),16)
-res.dat.dif[res.dat.dif$N=="50" & res.dat.dif$nb.dif>0 & res.dat.dif$scenario.type=="C",]$bias <- res.dat.dif[res.dat.dif$N=="50" & res.dat.dif$nb.dif>0 & res.dat.dif$scenario.type=="C",]$bias -0.2
-res.dat.dif[res.dat.dif$N=="50" & res.dat.dif$nb.dif>0 & res.dat.dif$scenario.type=="D",]$bias <- res.dat.dif[res.dat.dif$N=="50" & res.dat.dif$nb.dif>0 & res.dat.dif$scenario.type=="D",]$bias +0.6
-res.dat.dif[res.dat.dif$N=="50" & res.dat.dif$nb.dif>0 & res.dat.dif$scenario.type=="E",]$bias <- res.dat.dif[res.dat.dif$N=="50" & res.dat.dif$nb.dif>0 & res.dat.dif$scenario.type=="E",]$bias +0.8
-
-res.dat[res.dat$N=="50" & res.dat$nb.dif>0,]$eff.size <- rep(c(0,0.2,0.2,0.4,0.4,-0.2,-0.4),16)
-res.dat[res.dat$N=="50" & res.dat$nb.dif>0 & res.dat$scenario.type=="C",]$bias <- res.dat[res.dat$N=="50" & res.dat$nb.dif>0 & res.dat$scenario.type=="C",]$bias -0.2
-res.dat[res.dat$N=="50" & res.dat$nb.dif>0 & res.dat$scenario.type=="D",]$bias <- res.dat[res.dat$N=="50" & res.dat$nb.dif>0 & res.dat$scenario.type=="D",]$bias +0.6
-res.dat[res.dat$N=="50" & res.dat$nb.dif>0 & res.dat$scenario.type=="E",]$bias <- res.dat[res.dat$N=="50" & res.dat$nb.dif>0 & res.dat$scenario.type=="E",]$bias +0.8
 
-res.dat.dicho <- res.dat[res.dat$M==2,]
+res.dat.full <- res.dat[res.dat$M==4,]
-res.dat.dicho <- rbind(res.dat.dicho,res.dat.dif[res.dat.dif$M==2,])
+res.dat.full <- rbind(res.dat.full,res.dat.dif[res.dat.dif$M==4,])
-res.dat.dicho <- rbind.fill(res.dat.dicho,res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$M==2,])
+res.dat.full <- rbind.fill(res.dat.full,res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$M==4,])
-res.dat.dicho <- rbind.fill(res.dat.dicho,res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$M==2,])
+res.dat.full <- rbind.fill(res.dat.full,res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$M==4,])
 
-# Items polytomiques
+##############################################################################
+#----------------------------------------------------------------------------#
+############################ ARTICLE TABLE OUTPUT ############################
+#----------------------------------------------------------------------------#
+##############################################################################
 
-res.dat.poly <- res.dat[res.dat$M==4,]
+# STRATEGY 1 - IGNORE DIF
-res.dat.poly <- rbind(res.dat.poly,res.dat.dif[res.dat.dif$M==4,])
+
-res.dat.poly <- rbind.fill(res.dat.poly,res.dat.dif.rosali[res.dat.dif.rosali$M==4,])
+res.dat.article <- res.dat[,c("N","J","eff.size","nb.dif","dif.size",
-res.dat.poly <- rbind.fill(res.dat.poly,res.dat.dif.resali[res.dat.dif.resali$M==4,])
+                              "m.beta","bias","true.value.in.ci.p","h0.rejected.p",
+                              "theoretical.power")]
+colnames(res.dat.article)[3] <- "true.beta"
+colnames(res.dat.article)[5] <- "true.gamma"
+colnames(res.dat.article)[6] <- "betahat"
+colnames(res.dat.article)[8] <- "coverage"
+colnames(res.dat.article)[9] <- "power"
+res.dat.article[,6:10] <- round(res.dat.article[,6:10],2)
+res.dat.article[res.dat.article$true.beta==0,"typeIerror"] <- res.dat.article[res.dat.article$true.beta==0,"power"]
+res.dat.article[res.dat.article$true.beta==0,"power"] <- NA
+res.dat.article <- res.dat.article[,c(1:7,11,9:10,8)]
+res.dat.article[res.dat.article$nb.dif==0,"true.gamma"] <- NA
+res.dat.article[is.na(res.dat.article)] <- " "
+res.dat.article$bias <- -1*res.dat.article$bias
+res.dat.article.ignore <- reshape(res.dat.article[res.dat.article$nb.dif>0,],
+                                  direction = "wide", idvar = c("J","true.beta","nb.dif",'true.gamma'),timevar = "N" )
+write.csv(res.dat.article.ignore,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_ignoreDIF.csv")
+res.dat.article.nodif.long <- res.dat.article[res.dat.article$nb.dif==0,]
+res.dat.article.nodif <- reshape(res.dat.article[res.dat.article$nb.dif==0,],
+                                  direction = "wide", idvar = c("J","true.beta","nb.dif",'true.gamma'),timevar = "N" )
+write.csv(res.dat.article.nodif,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_noDIF.csv")
+res.dat.article <- reshape(res.dat.article[res.dat.article$nb.dif==0,],
+                                 direction = "wide", idvar = c("J","true.beta","nb.dif",'true.gamma'),timevar = "N" )
+write.csv(res.dat.article.nodif,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_noDIF.csv")
+
+
+
+res.dat.article.2 <- res.dat[,c("N","J","eff.size","nb.dif","dif.size",
+                              "m.beta","bias","true.value.in.ci.p","h0.rejected.p",
+                              "theoretical.power")]
+colnames(res.dat.article.2)[3] <- "true.beta"
+colnames(res.dat.article.2)[5] <- "true.gamma"
+colnames(res.dat.article.2)[6] <- "betahat"
+colnames(res.dat.article.2)[8] <- "coverage"
+colnames(res.dat.article.2)[9] <- "power"
+res.dat.article.2[,6:10] <- round(res.dat.article.2[,6:10],2)
+res.dat.article.2[res.dat.article.2$true.beta==0,"typeIerror"] <- res.dat.article.2[res.dat.article.2$true.beta==0,"power"]
+res.dat.article.2[res.dat.article.2$true.beta==0,"power"] <- NA
+res.dat.article.2 <- res.dat.article.2[,c(1:7,11,9:10,8)]
+res.dat.article.2[res.dat.article.2$nb.dif==0,"true.gamma"] <- NA
+res.dat.article.2[is.na(res.dat.article.2)] <- " "
+res.dat.article.2$bias <- -1*res.dat.article.2$bias
+res.dat.article.nodif.2 <- res.dat.article.2[res.dat.article.2$nb.dif==0,]
+  
+# STRATEGY 2 - ROSALI
+
+res.dat.article.rosali <- res.dat.dif.rosali[,c("N","J","eff.size","nb.dif","dif.size",
+                              "m.beta","bias","true.value.in.ci.p","h0.rejected.p",
+                              "theoretical.power")]
+colnames(res.dat.article.rosali)[3] <- "true.beta"
+colnames(res.dat.article.rosali)[5] <- "true.gamma"
+colnames(res.dat.article.rosali)[6] <- "betahat"
+colnames(res.dat.article.rosali)[8] <- "coverage"
+colnames(res.dat.article.rosali)[9] <- "power"
+res.dat.article.rosali[res.dat.article.rosali$true.beta==0,"typeIerror"] <- res.dat.article.rosali[res.dat.article.rosali$true.beta==0,"power"]
+res.dat.article.rosali[res.dat.article.rosali$true.beta==0,"power"] <- NA
+res.dat.article.rosali <- res.dat.article.rosali[,c(1:7,11,9:10,8)]
+res.dat.article.rosali[res.dat.article.rosali$nb.dif==0,"true.gamma"] <- NA
+res.dat.article.rosali[is.na(res.dat.article.rosali)] <- " "
+res.dat.article.rosali$bias <- -1*res.dat.article.rosali$bias
+res.dat.article.rosali <- reshape(res.dat.article.rosali,
+                                   direction = "wide", idvar = c("J","true.beta","nb.dif",'true.gamma'),timevar = "N" )
+res.dat.article.rosali.dif <- res.dat.article.rosali[res.dat.article.rosali$nb.dif>0,]
+write.csv(res.dat.article.rosali.dif,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_ROSALI_DIF.csv")
+res.dat.article.rosali.nodif <- res.dat.article.rosali[res.dat.article.rosali$nb.dif==0,]
+write.csv(res.dat.article.rosali.nodif,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_ROSALI_noDIF.csv")
+
+
+res.dat.article.rosali.2 <- res.dat.dif.rosali[,c("N","J","eff.size","nb.dif","dif.size",
+                                                "m.beta","bias","true.value.in.ci.p","h0.rejected.p",
+                                                "theoretical.power")]
+colnames(res.dat.article.rosali.2)[3] <- "true.beta"
+colnames(res.dat.article.rosali.2)[5] <- "true.gamma"
+colnames(res.dat.article.rosali.2)[6] <- "betahat"
+colnames(res.dat.article.rosali.2)[8] <- "coverage"
+colnames(res.dat.article.rosali.2)[9] <- "power"
+res.dat.article.rosali.2[res.dat.article.rosali.2$true.beta==0,"typeIerror"] <- res.dat.article.rosali.2[res.dat.article.rosali.2$true.beta==0,"power"]
+res.dat.article.rosali.2[res.dat.article.rosali.2$true.beta==0,"power"] <- NA
+res.dat.article.rosali.2 <- res.dat.article.rosali.2[,c(1:7,11,9:10,8)]
+res.dat.article.rosali.2[res.dat.article.rosali.2$nb.dif==0,"true.gamma"] <- NA
+res.dat.article.rosali.2[is.na(res.dat.article.rosali.2)] <- " "
+res.dat.article.rosali.2$bias <- -1*res.dat.article.rosali.2$bias
+res.dat.article.rosali.2.nodif <- res.dat.article.rosali.2[res.dat.article.rosali.2$nb.dif==0,]
+
+# STRATEGY 3 - RESIDIF
+
+res.dat.article.residif <- res.dat.dif.resali[,c("N","J","eff.size","nb.dif","dif.size",
+                                         "m.beta","bias","true.value.in.ci.p","h0.rejected.p",
+                                         "theoretical.power")]
+colnames(res.dat.article.residif)[3] <- "true.beta"
+colnames(res.dat.article.residif)[5] <- "true.gamma"
+colnames(res.dat.article.residif)[6] <- "betahat"
+colnames(res.dat.article.residif)[8] <- "coverage"
+colnames(res.dat.article.residif)[9] <- "power"
+res.dat.article.residif[res.dat.article.residif$true.beta==0,"typeIerror"] <- res.dat.article.residif[res.dat.article.residif$true.beta==0,"power"]
+res.dat.article.residif[res.dat.article.residif$true.beta==0,"power"] <- NA
+res.dat.article.residif <- res.dat.article.residif[,c(1:7,11,9:10,8)]
+res.dat.article.residif[res.dat.article.residif$nb.dif==0,"true.gamma"] <- NA
+res.dat.article.residif[is.na(res.dat.article.residif)] <- " "
+res.dat.article.residif$bias <- -1*res.dat.article.residif$bias
+res.dat.article.residif <- reshape(res.dat.article.residif,
+                               direction = "wide", idvar = c("J","true.beta","nb.dif",'true.gamma'),timevar = "N" )
+res.dat.article.residif.dif <- res.dat.article.residif[res.dat.article.residif$nb.dif>0,]
+write.csv(res.dat.article.residif.dif,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_RESIDIF_DIF.csv")
+res.dat.article.residif.nodif <- res.dat.article.residif[res.dat.article.residif$nb.dif==0,]
+write.csv(res.dat.article.residif.nodif,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_RESIDIF_noDIF.csv")
+
+res.dat.article.residif.2 <- res.dat.dif.resali[,c("N","J","eff.size","nb.dif","dif.size",
+                                                 "m.beta","bias","true.value.in.ci.p","h0.rejected.p",
+                                                 "theoretical.power")]
+colnames(res.dat.article.residif.2)[3] <- "true.beta"
+colnames(res.dat.article.residif.2)[5] <- "true.gamma"
+colnames(res.dat.article.residif.2)[6] <- "betahat"
+colnames(res.dat.article.residif.2)[8] <- "coverage"
+colnames(res.dat.article.residif.2)[9] <- "power"
+res.dat.article.residif.2[res.dat.article.residif.2$true.beta==0,"typeIerror"] <- res.dat.article.residif.2[res.dat.article.residif.2$true.beta==0,"power"]
+res.dat.article.residif.2[res.dat.article.residif.2$true.beta==0,"power"] <- NA
+res.dat.article.residif.2 <- res.dat.article.residif.2[,c(1:7,11,9:10,8)]
+res.dat.article.residif.2[res.dat.article.residif.2$nb.dif==0,"true.gamma"] <- NA
+res.dat.article.residif.2[is.na(res.dat.article.residif.2)] <- " "
+res.dat.article.residif.2$bias <- -1*res.dat.article.residif.2$bias
+res.dat.article.residif.2.nodif <- res.dat.article.residif.2[res.dat.article.residif.2$nb.dif==0,]
+
+# STRATEGY 4 - PERFECT-DIF
+
+res.dat.article.dif <- res.dat.dif[,c("N","J","eff.size","nb.dif","dif.size",
+                                         "m.beta","bias","true.value.in.ci.p","h0.rejected.p",
+                                         "theoretical.power")]
+colnames(res.dat.article.dif)[3] <- "true.beta"
+colnames(res.dat.article.dif)[5] <- "true.gamma"
+colnames(res.dat.article.dif)[6] <- "betahat"
+colnames(res.dat.article.dif)[8] <- "coverage"
+colnames(res.dat.article.dif)[9] <- "power"
+res.dat.article.dif[res.dat.article.dif$true.beta==0,"typeIerror"] <- res.dat.article.dif[res.dat.article.dif$true.beta==0,"power"]
+res.dat.article.dif[res.dat.article.dif$true.beta==0,"power"] <- NA
+res.dat.article.dif <- res.dat.article.dif[,c(1:7,11,9:10,8)]
+res.dat.article.dif[res.dat.article.dif$nb.dif==0,"true.gamma"] <- NA
+res.dat.article.dif[is.na(res.dat.article.dif)] <- " "
+res.dat.article.dif$bias <- -1*res.dat.article.dif$bias
+write.csv(res.dat.article.dif,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_perfect.csv")
+res.dat.article.dif <- reshape(res.dat.article.dif,
+                                  direction = "wide", idvar = c("J","true.beta","nb.dif",'true.gamma'),timevar = "N" )
+write.csv(res.dat.article.dif,"/home/corentin/Documents/These/Valorisation/Articles/Simulations 1/Tables/res_perfect.csv")
+
+
+res.dat.article.dif.2 <- res.dat.dif[,c("N","J","eff.size","nb.dif","dif.size",
+                                      "m.beta","bias","true.value.in.ci.p","h0.rejected.p",
+                                      "theoretical.power")]
+colnames(res.dat.article.dif.2)[3] <- "true.beta"
+colnames(res.dat.article.dif.2)[5] <- "true.gamma"
+colnames(res.dat.article.dif.2)[6] <- "betahat"
+colnames(res.dat.article.dif.2)[8] <- "coverage"
+colnames(res.dat.article.dif.2)[9] <- "power"
+res.dat.article.dif.2[res.dat.article.dif.2$true.beta==0,"typeIerror"] <- res.dat.article.dif.2[res.dat.article.dif.2$true.beta==0,"power"]
+res.dat.article.dif.2[res.dat.article.dif.2$true.beta==0,"power"] <- NA
+res.dat.article.dif.2 <- res.dat.article.dif.2[,c(1:7,11,9:10,8)]
+res.dat.article.dif.2[res.dat.article.dif.2$nb.dif==0,"true.gamma"] <- NA
+res.dat.article.dif.2[is.na(res.dat.article.dif.2)] <- " "
+res.dat.article.dif.2$bias <- -1*res.dat.article.dif.2$bias